Das Divadlo Na zábradlí entstand im Jahr 1958 und seine Gründer - Helena Philippová, Ivan Vyskočil, Jiří Suchý und Vladimír Vodička - entlehnten den Namen der Gasse, die vom Anna-Platz (Anenské náměstí) zum Moldauufer führt.

Die erste Vorstellung fand am 9. Dezember 1953 statt, wenige Monate später schloss sich dem Theater im März 1959 der Schauspieler Ladislav Fialka mit seiner Pantomime-Gruppe an.

Das Schauspiel und die Pantomime existierten bis zum Tode Josef Fialkas 1991 nebeneinander.

Anfang der sechziger Jahre - als der Regisseur Jan Grossman, Bühnenbildner Libor Fára und der für die Kulisse zuständige späterer Dramaturg und Dramatiker Václav Havel hinzustießen, begann im Theater die Entwicklung des tschechischen absurden Theaters. Zu den damals aufgeführten Stücken gehörten von Václav Havel: Zahradní slavnost, Vyrozumění (Das Gartenfest, Die Benachrichtigung), von Alfred Jarry Král Ubu (König Ubu) und von Franz Kafka Proces (Der Prozess).

Das Theater erfuhr Anerkennung nicht nur in Tschechien sondern auch im Ausland, trotzdem mussten 1968 Jan Grossman und Václav Havel das Theater verlassen.

In den siebziger und achtziger Jahren wurde das Theater Zuflucht einiger Filmregisseure der neuen tschechischen Welle, denen die Filmarbeit verweigert wurde. Es war vor allem Evald Schorm, der seit 1976 einige berühmte Inszenierungen realisierte (unter anderem Shakespeare: Hamlet, Macbeth und Dostojewski: Die Brüder Karamasow).

1989 kehrte Jan Grossman zunächst als Regisseur und später als Direktor in das Theater zurück. Nach seinem Tode 1993 übernahmen die Direktorin Doubravka Svobodová und der künstlerische Leiter Petr Lébl die Führung des Schauspielhauses.

Lébl war seinerzeit einer der talentiertesten Regisseure der selbständigen Imagination, der mit den seinen Interpretationen provozierte. Zu nennen wären hier beispielsweise Jean Genet: Služky (Die Dienerinnen) oder Ladislav Stroupežnický: Naši furianti (Unsere Stutzer).

Nach seinem tragischen Tod 1999 führte die neue künstlerische Leitung unter dem Regisseur J. A. Pitínský, dem Schauspieler und Regisseur Jiří Ornest sowie der Dramaturgin Ivana Slámová die unorthodoxe Linie des zeitgenössischen Theaters weiter. Aufgeführt wurden Thomas Bernhard: Ritter, Dene, Voss, Friedrich Schiller: Kabale und Liebe; David Harrower: Nože ve slepicích (Messer in den Hühnern).

Seit dem Jahr 2003 führen das Theater die künstlerische Leiterin Ivana Slámová und der Regisseur und Dramatiker Jiří Pokorný.