Die Kirche St. Johannes von Nepomuk am Felsen ist eine der Kloster- und Stiftskirchen der Prager Neustadt und zeichnet sich durch ihre exponierte Lage und ihre eindrucksvolle Front mit Freitreppe und Doppelturmpaar aus.

Die Barockkirche liegt an der Ecke zwischen dem Karlsplatz (Karlovo náměstí) und der Vyšehradská-Straße. Auf der anderen Seite dieser Straße liegt das Emmauskloster. Zugänglich ist das Gebäude am besten durch das große barocke Tor am Karlsplatz. Von dort aus führt ein kurzer Fußweg durch eine kleine Parkanlage, ehe man zu Sankt Johannes Nepomuk am Felsen gelangt.

Die Hochbarockkirche mit ihren beiden markanten, über Eck gestellten Türmen auf der Westseite wurde in den Jahren 1730 bis 1739 nach Plänen von Kilian Ignaz Dientzenhofer im Auftrag der Johannes-von-Nepomuk-Bruderschaft errichtet.

Der Kirchengrundriss ist oktogonal mit konkaven Seiten, dabei in die Längsachse verlängert. Fresken an der Decken von Jan Karel Kovář aus dem Jahr 1748 zeigen die Glorifizierung des hl. Johannes von Nepomuk (Mittelbau), die Kreuzabnahme (Chor) und die Heilige Dreifaltigkeit (Apsis).

Auf dem Hauptaltar der Kirche steht die 1682 von Johann Brokoff geschaffene, vergoldete Holzstatue des hl. Johannes von Nepomuk, die als Modell für die Nepomuk-Statue auf der Karlsbrücke diente. Links und rechts der Nepomuk-Statue befinden sich Statuen der hl. Ludmilla und des hl. Wenzel.

In der Kirche finden heute die Gottesdienste der Deutschsprachigen Katholischen Pfarrei Prag statt.