Der Sitz des Tschechischen Musikmuseums befindet sich in der ehemaligen Barockkirche St. Maria Magdalena auf der Prager Kleinseite, die im 17. Jahrhundert nach Plänen des in italienisch-schweizerischer Architekten Francesco Caratti erbaut wurde.

Das im Jahr 2004 nach komplettem Umbau und Sanierung wiedereröffnete Museum gehört zum Nationalmuseum und beheimatet eine einzigartige Sammlung an Musikinstrumenten und wertvollen Musikarchivalien aus über fünf Jahrhunderten.

Die Dauerausstellung wird ergänzt von wechselnden thematischen Ausstellungen.

In den Räumlichkeiten, in denen sich einmal eine der größten Orgeln Prags befunden haben soll, finden auch wieder regelmäßig Konzerte statt.

Das Bauwerk selbst ist sowohl architektonisch sehr interessant als auch im Hinblick auf seine wechselhafte Geschichte. Die einstige Maria-Magdalena-Kirche wurde im nach Auflösung des Dominikanerklosters im Jahr 1783 schrittweise umgebaut. Unter anderem diente das Gebäude in der Folgezeit als Poststation, Kaserne und Archiv.

Die ungewöhnliche Symbiose von früher kirchlicher Barockarchitektur mit den klassizistischen sowie den neuzeitlichen Umbauten bietet den Besuchern eine wirkungsvolle Kombination von Monumentalität und Detail.